1 Introducción
En este primer taller del curso, revisaremos como interactuar con R por primera vez a través de su entorno de desarrollo integrado Rstudio. Aprenderemos que el proyecto es el corazón de todo trabajo con R y RStudio y veremos cómo crearlos. Aprenderemos cuáles son las diferencias del uso del # en un script de R y en Quarto. Además, repasaremos las operaciones aritméticas de vectores en R mediante algunos problemas con contexto clínico. Por último, aprenderemos a importar datos desde formato *.dta, *.csv, *.xlsx y *.sav.
2 Reconocimiento de elementos de RStudio
Antes de empezar a escribir código, es importante conocer y reconocer los distintos paneles que nos muestra RStudio y sus funciones:
Identifique las secciones de la IDE de RStudio
Ventana de…
Consola:
Entorno:
Editor:
Utilidades:
¿Qué secciones tiene Rstudio?
Es la sección donde…
… escribimos y almacenamos código:
… ejecutamos el código:
… podemos ver todos los archivos u objetos que tenemos guardado en nuestro R:
… tenemos varias pestañas con funciones diversas (p. ej., ayuda, archivos, etc):
3 Siempre crea un proyecto
RStudio ofrece la posibilidad de trabajar con proyectos. Estos facilitan la reproducibilidad del flujo de trabajo (limpieza, análisis, visualización y reporte).
Creememos un proyecto:
Cree una carpeta en donde Ud. guste. Póngale un nombre informativo que le permita recordar de qué trata esta carpeta. Por ejemplo, para este taller póngale de nombre taller01.
Abra Rstudio
En RStudio, configure un Proyecto en la carpeta que creo inicialmente.
4 Trabaje directamente con la consola
Una primera manera de interactuar con R a traves de RStudio es mediante la consola.
Por ejemplo, en la consola escriba:
"Hola mundo"[1] "Hola mundo"
Tambien puedes escribir algunas sumas:
5 + 5[1] 10
Pregunta:
- ¿Cuál es el principal problema de analizar datos con R directamente a través de la consola?
5 Use un R script
Otra opción es usar un script de R. La ventaja de este enfoque es que podemos almacenar código reproducible el cual puede volver a ejecutarse cuántas veces se desee y se obtendrían exactamente los mismos resultados.
Pregunta:
- ¿Por qué es importante tener código reproducible?
Ejercicio
- Cree un
RScript. - Guárdelo como
mi_primer_rscript.r - Cree texto humano comentado usando #
- Cree codigo en R y ejecutelo (p. ej., una suma simple).
- Ctrl + Enter = Equivalente a dar click en
Runpara ejecutar código el script.
6 Preferiblemente use Quarto Markdown
El paradigma actual prefiere utilizar herramientas de programación literaria tales como Quarto o RMarkdown. Para esto, es importante crear un archivo quarto.
Crea un archivo quarto.
Guarda el archivo quarto en la carpeta del proyecto.
Ejercicio 1
Cree y guarde el archivo
Quarto.Identifique el
YAML(no toque ni modifique este).Identifique el
contenidodel documento quarto.- ¿En qué parte se escribe texto humano?
- ¿En qué parte se escribe código en R?
Renderice la plantilla de quarto dandole click a
Render
Ejercicio 2
- Elimine el contenido de la plantilla y escriba su propia informacion.
- Coloque un titulo con ##.
- Inserte un
chunkde codigo con la herramienta - Escriba una suma simple cualesquiera en el chunk de codigo y ejecutelo.
- Renderice todo el documento.
- Explore el archivo
.htmlgenerado. ¿Qué ha pasado?
- Ctrl + Alt + i = equivalente a dar click en
Renderizar el código significa crear el archivo (html, Word, PDF, u otro formato), a partir del código y los datos. Para hacer esto, simplemente debemos presionar el botón “Render” ubicado en la barra de herramientas que está justo encima del editor de texto.
7 Distinga entre el # en Quarto y en un Rscript/chunk de codigo
Ejercicio 1
- En un
Rscriptescriba un # ¿Para qué sirve el # en unRscript? - En un
Quartoescriba un # ¿Para qué sirve el #? - ¿Qué pasa si en un
Quartoescribo #, ##, ###, y así sucesivamente? - ¿Qué pasa si en un
chunk de códigodentroQuartoescribo #, ##, ###, y así sucesivamente?
Ejercicio 2
El siguiente texto debe ser modificado en el modo editor visual de Quarto:
Modifique al azar las palabras poniéndolas en formato negrita, cursiva, subrayado o código:
La investigación de calidad en salud es indispensable para que un sistema sanitario sea eficiente. Para mejorar la salud pública y comprender los aspectos económicos y la mecánica de los sistemas de salud, se requiere una amplia gama de métodos de investigación y de toma de decisiones basadas en evidencia.
8 En resumen, este es el flujo de trabajo
Por tal motivo, lo primero que uno debe hacer cuando trabaje con R en RStudio es configurar el proyecto. Los pasos a continuación:
flowchart TD
A(1. Crea carpeta) --> B(2. Abre RStudio)
B --> C{3. Configura proyecto}
C -->|1| D[Use scripts]
C -->|2| E[Use quarto]
D --> F[Ejecute línea a línea con run]
E --> G[Renderice todo el documento]
9 Operaciones aritméticas con R
9.1 ¿Cómo realizar cálculos aritméticos en R?
Para esto, simplemente necesitamos saber cómo llamar a los operadores aritméticos en R, revisemos la siguiente lista:
+\(\rightarrow\) Suma-\(\rightarrow\) Resta*\(\rightarrow\) Multiplicación/\(\rightarrow\) Divisiónsqrt()\(\rightarrow\) Raíz cuadrada^\(\rightarrow\) Potencia
Alt + 94 = ^ (símbolo de potencia)
Ctrl + Shift + c = comentar la línea o texto seleccionado
Ahora practiquemos con los siguientes ejercicios propuestos:
Ejercicio 1
Multiplicar 12 por 14 (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 2
Sume 34 más 47 (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 3
Divida 39304 entre 21 (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 4
Calcular cuánto es 34 elevado a 3 (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 5
Sumar 2 más 8, al resultado restar 4, luego multiplicar por 8, dividir el resultado entre 6 y elevar a la potencia 4, ¿cuál es el resultado? (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 6
Los pesos de Juan, Esteban y María son 84, 78 y 70kg, respectivamente. Sus tallas son 1.74, 1.82 y 1.63m, respectivamente. Calcular el IMC para cada caso (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 7
Se requiere administrar Paracetamol a un niño de 6 años de 20kg de peso y 1.21m de altura que presenta fiebre y malestar. Sabemos que la dosis recomendada de paracetamol es de 10mg/Kg c/6h. Calcular la dosis a administrar y el IMC (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 8
Se tiene una niña de 7 años y 18.5Kg de peso con infección en los oídos a quien se le indica cefexime. Si la dosis recomendada es de 8mg/Kg/dia, calcular la dosis que se debe administar (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 9
Los pesos de Jhonatan, Rafael y Enrique son 92, 89 y 79kg. Sus tallas son 1.78, 1.91 y 1,69m, respectivamente. Calcular el IMC para cada caso y determinar si alguno tiene sobrepeso (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 10
Los pesos de Sara, Fiorella y Pamela son 68700, 71400 y 63200g. Sus tallas son 164, 159 y 168cm, respectivamente. Calcular el IMC para cada caso y determinar si alguna presenta sobrepeso (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquíEjercicio 11
A un niño que pesa 15000g y mide 68cm se le indica 15mg/kg de paracetamol V.O. cada 8h. Calcular cuántos mg de paracetamol se le debe administrar al día y determinar si el niño presenta sobrepeso u obesidad. (Renderizar el chunk de código)
# Escribe código aquí10 Instalar y cargar paquetes
- En R, se pueden instalar paquetes usando la funcion
install.packages(). En la consola (ojo, no en quarto!!) escriba lo siguiente:
install.packages("paquete")- Que un paquete este instalado no significa que podamos usarlo. Debemos cargarlo primero con la funcion
library(). Esto puede hacerse en elquarto,rscripty tambien en laconsola.
library(paquete)Ejercicio 1
Instale el paquete here.
# Escribe código aquíEjercicio 2
Cargue el paquete here.
# Escribe código aquíEjercicio 3
Use la funcion here() del paquete here.
# Escribe código aquí- ¿Qué nos dice esta función? (ver página web del paquete: https://here.r-lib.org/)
Cuando se trabaja con Quarto es preferible no usar install.packages("rio"). En el curso vamos a trabajar cargando el paquete directamente con library(). Por defecto, RStudio reconoce si un paquete no esta instalado y te emite un anuncion de instalacion como el mostrado lineas abajo:
11 Importar bases de datos con {rio}
11.1 Instalar y cargar paquetes
Antes de aprender a importar datos en R, debemos instalar y cargar paquetes (conjunto de funciones orientadas a cumplir tareas relacionadas o específicas).
Recuerde que si trabaja desde Quarto, solo debe escribir library(paquete) en un chunk de codigo, guardar el Quarto y esperar que le salga el aviso de instalacion. Haga la instalacion primero antes de correr libary.
library(rio) # Cargar el paquete para poder utilizarlo11.2 Algunas recomendaciones
Para importar correctamente una base de datos, verificar dos aspectos:
Su ubicación: ¿en qué carpeta la tenemos guardada? Esto nos permitirá llamarla sin problemas mediante el URL del archivo. Recordar que es recomendable que las bases de datos que vamos a usar se encuentren en la misma carpeta que el proyecto (Rproject).
Su formato: ¿la data es un archivo csv? dta? xlsx? Esto nos permitirá utilizar la función de importación de manera adecuada.
Sintaxis de la función import() de rio:
nombre_datos -> import("url_del_archivo.extensión")Ahora sí, practiquemos:
Ejercicio 1
Importar la base de datos “data_enaho2017_v2” y guardarla como “data_ejm1”. Renderizar el código.
# Escribe código aquíEjercicio 2
Importar la base de datos “data_ejm” y guardarla como “data_ejm2”. Renderizar el código.
# Escribe código aquíEjercicio 3
Importar la base de datos “data_ejercicio” y guardarla como “data_ejm3”. Renderizar el código.
# Escribe código aquíEjercicio 4
Importar la base de datos “data_SPSS” y guardarla como “data_ejm4”. Renderizar el código.
# Escribe código aquíEjercicio 5
Exportar con el mismo nombre pero en formato .csv, .sav, .xlsx y .dta todas las bases importadas, respectivamente. Renderizar el código.
# Escribe código aquí12 Renderice todo el documeto quarto
Al finalizar, renderice todo el documento quarto.